Министрлер кеңешинин төрагасы болуп иштеген жылдары Баялы Исакеев көркөм адабиятка көп көңүл бурган экен. 1935-жылы Кыргыз АССРнин Борбордук комитети тарабынан «Манас» эпосун басып чыгаруу тууралуу токтом кабыл алынып, 80 миң рубль да кошо бөлүнүп берилет. Мына ушундан тарта эпосту басмадан чыгаруу менен орусчага которуу боюнча иштер башталган. Бул үчүн Россиядан мыкты котормочулар алып келинип, аларга жакшы шарттар түзүлгөн. Исакеев Москвага барганда да нечен чыгаан адамдардын, дүйнөгө белгилүү инсандардын алдында Манас тууралуу кеңири баяндама жасаган. Кийин башына кара булут айланып, өмүрү кылдын учунда турса да өз башынын эмес, улуу эпостун камын көргөн дешет.
Куугунтукка кабылган күндөрдүн биринде Исакеев «Чоң Казатка» баш сөз жазган редакторлордун бири Е. Мозольковго телефон чалып, Манасты жарыкка чыгарууда аягына чейин иштөөсүн суранып, улуу эпос элге, деги эле жалпы адамзатка керек экенин түшүндүрүп акыркы өтүнүчүн билдирген. Сөзүнүн аягында көрүшпөй калуусу мүмкүндүгүн айтып, коштошкон экен. Айткандай эле бул алардын акыркы сүйлөшүүсү жана Исакеевдин керээзи болуп калган.
Айыпталып атылышы.
1937-жылы август айында «Правда» гезитине «Буржуазиялык улутчулдар» деген макала жарыяланат. Макалада Баялы Исакеев баштаган бир топ азаматтар улутчул деп аталып, ал 5-сентябрда Кыргыз ССРинин Эл комиссарлар советинин төрагасы кызматынан четтетилет.
Исакеев 1937-жылдын 10-сентябрында улутчул-контрреволюциячыл деген жалаа менен камалып, 1938-жылдын ноябрь айында атылып кеткен. Кийин, 1957-жылы, толук акталып чыккан.
Сөөгү «Ата-Бейитте». Бишкектен түштүктү көздөй 30 чакырым алыстыкта, Чоң-Таш деп аталган айылдын жанында «Ата-Бейит» улуттук тарыхый-мемориалдык комплекси жайгашкан. Анда мамлекетибиздин пайдубалын түптөгөн Жусуп Абдрахманов, Мурат Салихов, Осмонкул Алиев, Баялы Исакеев, Касым Тыныстанов, Эркинбек Эсенаманов, Төрөкул Айтматов, Иманалы Айдарбеков болуп жалпы 138 чыгаан инсандын сөөгү жашырылган. Булардын жашыруун көмүлгөнү 53 жыл белгисиз болуп келген. 1991-жылы гана Бүбайра Кыдыралиева кыш чыгаруучу эски заводдун жүрөк титиреткен сырын ачыкка чыгарган.
Ал эми 1991-жылдын 30-августунда Кыргызстан эгемендүү мамлекет болордон бир күн мурда 138 адамдын сөөгү ак кепинделип, кастарланып, кайра көмүлдү. Алардын арасында кыргыздын залкар уулу Баялы Исакеевдин да сөөгү бар.
Исакеевдин эстелиги борборго коюлуп, ысымы Бишкектин бир көчөсүнө жана Кочкор районундагы туулган айылына берилген.
Аттокур Жапановдун фейсбук социалдык тармактагы баракчасынан алынды.